Primero se conoció como el Paso Los Algodones; después fue el Rancho Los Algodones, posteriormente fue poblado y hoy en día Ciudad Los Algodones, Municipio de Mexicali.
El cauce del Río Colorado marcó a Los Algodones como un lugar de gran relevancia para los primeros asentamientos cucapás que poblaron su bajo delta los exploradores y navegantes españoles Hernando de Alarcón y Melchor Díaz registran su presencia en esta zona entre los años 1539-1540.
El padre Eusebio Francisco Kino deja testimonios de sus peregrinajes por estos rumbos en los años 1701-1702. El militar de la Corona Española, Juan Bautista de Anza, consigna a Los Algodones como parte de una nueva ruta hacia la Alta California en 1775-1776. El padre mártir del Río Colorado, Francisco Hermenegildo Garcés, también relata su incursión de 1779-1781 cuando la Misión de San Pedro y San Pablo Bicuñer es destruida en una rebelión indígena donde perdió la vida Garcés y otros dos religiosos.
Durante la Guerra EUA-MEX el Paso de Los Algodones fue transitado por el general Kearny en su ruta hacia California. De igual manera el Batallón Mormón del Gral. Cook deja testimonio de esta zona. Miles de gambusinos en busca de placeres de oro transitan por Los Algodones para navegar por el Río Colorado hacia los valles de Sacramento, Ca. El año de 1858 la posta de Los Algodones fue parte del itinerario de las diligencias de John Butterfield en su ruta de San Luis Missouri a Los Angeles, Ca. En este lugar había muda de caballos, comida, mercancías y licor.
Amparados en la Ley de Terrenos Baldíos, los señores Pedro y Gabriel Villarino solicitan al gobierno federal el deslinde de terrenos en la zona de Los Algodones. El 3 de junio de 1886 Guillermo Andrade compra de manera definitiva el Rancho de Los Algodones y todos los terrenos adyacentes. El 17 de julio de 1894 es nombrado oficialmente don Daniel Sández como juez auxiliar de Los Algodones. Esta fecha se adopta como fecha fundacional a partir del 2005. En 1896 Los Algodones figura como Sección Municipal dependiente de Ensenada entonces capital del Distrito de la Baja California.
En 1909 el ferrocarril InterCalifornia une a Los Algodones con Mexicali. El 14 de marzo de 1903, Manuel Vizcarra es nombrado juez auxiliar de Mexicali, cargo que de manera previa ocupaba en Los Algodones.
