Para categorizarse el sistema de las tres lagunas de Mexicali como un área natural protegida, se requiere una gran cantidad de recursos que podrían provenir del orden público o privado, lo cual podría tardar años en concretarse. Así lo consideró el coordinador de Gestión Ambiental de la Universidad Autónoma de Baja California, Efraín Nieblas Ortiz. Precisó que para proceder a dicha declaratoria, se debe de establecer un comité que le dé seguimiento al tema, pero también financiar la realización de estudios multidisciplinarios relacionados con su ecosistema, hábitat y descripción de la flora y la fauna.
Asimismo, un estudio que permita conocer la hidrografía de las lagunas, cómo entra el agua, cuánta se evapora, la profundidad y en general estudios de batimetría, para conocer la dinámica ecológica, por mencionar algunos. Después se debe de integrar un expediente y presentar la propuesta ante la Comisión Nacional de Áreas Protegidas, dependiente de la Secretaría de Marina y Recursos Naturales, la cual deberá establecer si se define como tal, sumado al pago de derechos ante el Gobierno federal.
De resultar a favor la declaratoria, la Comisión Nacional del Agua deberá ceder el área a favor del Gobierno estatal o municipal o incluso alguna instancia de la sociedad civil, siempre y cuando esté debidamente constituida y demuestre la capacidad de administración de dicho espacio. De acuerdo a la Ley General de Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente, existen ocho categorías para considerar las áreas naturales protegidas. Entre éstas mencionó reserva de la biosfera, parques nacionales, monumentos naturales, área de protección de recursos naturales y área de protección de flora y fauna y santuarios.
También existe la normatividad que podría considerarlas como parques y reservas estatales o bien como zonas de preservación ecológica de los centros de población, en la cual el experto consideró que podría categorizarse como una de estas dos últimas.
